Ba năm sau cái chết của cha nuôi, nhiều sự kiện lạ lùng bắt đầu xảy ra trong thành phố nơi nhân vật chính là Emiya đang sinh sống. Bỗng nhiên, Emiya nhận ra bản thân đã bị cuốn vào một cuộc chiến giữa những pháp sư được gọi là “Master” cùng các hộ vệ “Servant” vốn là những anh linh từ thuở khai thiên lập địa.