Trong thế giới của bộ truyện Trùng Sư, "trùng" là một thực thể sống tồn tại khắp nơi, nhưng vô hình với hầu hết các sinh vật khác. Một vài trong số chúng gây ảnh hưởng xấu đến con người, số khác lại tạo nên động lực giúp họ tiếp tục tồn tại. Trong mối tương quan ấy, Trùng sư, những người có khả năng nhìn thấy "trùng", rong ruổi khắp thế gian và giúp đỡ những mảnh đời bị tác động bởi chúng. Bộ truyện là hành trình phiêu bạt của vị Trùng sư tên Gin nhằm tìm hiểu về loài sinh vật kỳ bí này.