Bị sử sách xem là cướp ngôi nhà Lê, nhưng những đóng góp của nhà Mạc trong lịch sử nước ta là không thể phủ nhận. Sử sách xưa không tiếc lời khi khen ngợi thời thịnh trị của nhà Mạc.
Sáu năm sau khi bị nhà Mạc cướp ngôi, nhà Lê với sự giúp sức của Nguyễn Kim đã trung hưng ở Thanh Hóa. Đất nước bị chia làm hai vùng: nhà Mạc ở Bắc bộ gọi là Bắc triều, nhà Lê-Nguyễn (sau khi Nguyễn Kim chết và Trịnh Kiểm nắm quyền là Lê-Trịnh) từ Thanh Hóa vào nam gọi là Nam triều.
Trong 60 năm chiến tranh (1533-1592), giữa Bắc triều và Nam triều đã diễn ra 38 trận đánh. Hai bên dốc hết quốc khố cùng sức dân, nhân tài vào việc tranh giành quyền lực. Chỉ có người dân vô tội là chịu cảnh lầm than, ly tán, ruộng đồng bỏ hoang, đầu rơi máu chảy.
Cuộc chiến Nam-Bắc triều chưa yên thì mâu thuẫn lại nảy sinh giữa hai dòng họ Trịnh-Nguyễn. Cuộc tranh chấp Trịnh-Nguyễn lại tiếp tục chia cắt đất nước thành hai miền: Đàng Trong và Đàng Ngoài suốt hai thế kỷ. Trong 48 năm, đã có bảy trận đánh lớn với chiến trường chủ yếu là hai bờ sông Gianh.
Sau nhiều cuộc giao tranh, hai bên đều kiệt quệ nên chấp nhận đình chiến, chia cắt đất nước, lấy sông Gianh làm giới tuyến. Họ Trịnh ở Đàng Ngoài tập trung diệt Mạc ở Cao Bằng. Họ Nguyễn ở Đàng Trong ra sức mở mang bờ cõi.