Khi về lại San Francisco, Josh Newman sau khi được “đánh thức” lần nữa ở Luân Đôn, đã đi theo nhóm Tiến sĩ John Dee với âm mưu ra đảo Alcatraz thả bọn hung thú tràn về đất liền phá hoại cuộc sông yên lành của người dân. Trong khi đó, cô chị gái Sophie theo gia đình Flamel trở lại ngôi nhà mình. Và ở đây, Sophie đã phát hiện ra Dì Agnes không là bà dì như một người mà chúng đã biết, mà là một Ảo thuật gia – người thuộc Thế hệ trước. Được sự đánh thức của Dì Agnes với pháp thuật Không khí, Sophie có đầy đủ sức mạnh để ra đảo Alcatraz tìm diệt bè lũ John Dee – Billy the Kid, cùng với các Nữ phù thủy, Phù thủy và người của Thế hệ trước bảo vệ nhân dân San Francisco thoát khỏi hành động man rợ và tàn bạo của bè lũ Tiến sĩ Dee.